Cho đến khi vụ án được đưa ra xử phúc thẩm, nhân vật bí ẩn "có dấu hiệu bị xâm hại uy tín" mới được hé mở chính là ông Nguyễn Bá Thanh, Bí thư Thành ủy Đà Nẵng, Ủy viên Trung ương Đảng, Đại biểu Quốc hội.[6] Trong phiên tòa phúc thẩm, luật sư của ông Dương Ngọc Tiến, bà Nguyễn Thị Dương Hà, đại diện Văn phòng Luật sư Cù Huy Hà Vũ, cũng xác định người bị Đinh Công Sắt tố cáo là Nguyễn Bá Thanh. Những tài liệu "truyền đơn" mà Tòa án Nhân dân thành phố Đà Nẵng kết luận là ông Dương Ngọc Tiến đưa cho Đinh Công Sắt đem đi rải là Công văn số 73/KSĐT-KT (ngày 31/10/2000) và Công văn số 77/KSĐT/KT (ngày 01/11/2000) của Viện Kiểm sát Nhân dân thành phố Đà Nẵng gửi lãnh đạo Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao và ông Phan Diễn (lúc đó là Bí thư Thành ủy Đà Nẵng).[5] Theo RFA (Đài Á Châu Tự do) thì cả hai công văn số 73 và 77 nói trên đều đề cập đến việc ông Nguyễn Bá Thanh đã nhận hối lộ của Phạm Minh Thông 4,4 tỷ đồng trong các công trình xây dựng Cầu Sông Hàn và đường Bắc Nam ở Đà Nẵng.[6] Ngoài ra, Báo cáo số 73/BC-VPBCĐ (ngày 26/10/2007) và Báo cáo số 38/BC-VPBCĐ (ngày 07/4/2008) của Văn phòng Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống Tham nhũng gửi Thủ tướng Chính phủ và Ban Bí thư Trung ương Đảng, xác nhận các đơn tố cáo về hành vi tham nhũng của ông Nguyễn Bá Thanh của một số công dân thành phố Đà Nẵng (trong đó có đơn tố cáo của Đinh Công Sắt) là có cơ sở. Và Kết luận thanh tra số 524/KLTT-BCA (V24) ngày 06/6/2008 của Bộ Công an xác định có đủ căn cứ để khởi tố vụ án và bị can, nhưng Công an thành phố Đà Nẵng không khởi tố ông Nguyễn Bá Thanh để điều tra.[6]

Luật sư Dương Hà đã đọc tại tòa rằng Công văn số 77/KSĐT/KT ghi rõ: "Thông khai có đưa cho ông Nguyễn Bá Thanh (Chủ tịch Ủy ban Nhân dân thành phố Đà Nẵng) nhiều lần số tiền là 4.425 triệu đồng theo yêu cầu của ông Thanh là Công ty muốn được thanh toán vốn nhanh phải trích lại cho ông 5% trên số vốn do công trình xây dựng bằng vốn ngân sách và 150.000đ/m² trên số mét vuông đất do Ủy ban Nhân dân thanh toán bằng quỹ đất đường Bắc Nam... Chiều ngày 31/10/2000 sau khi phân tích một cách sâu sắc và có trách nhiệm, thì có 5/7 thành viên Ủy ban Kiểm sát thống nhất Phạm Minh Thông phạm tội: Đưa hối lộ, Nguyễn Bá Thanh phạm tội: Nhận hối lộ". Theo lời của ông Cù Huy Hà Vũ, chồng của bà Dương Hà, thì micro của luật sư đã bị tòa án tắt đi khi bà luật sư nhắc đến hành vi tham nhũng của ông Nguyễn Bá Thanh.[7] Được biết trong vụ án Phạm Minh Thông, Thông khai đã dùng tiền "tham ô" được để "đi quà biếu một số cá nhân và tập thể", và đi "chúc tết" một số người nào đó, nhưng đó là những ai thì không bao giờ được làm sáng tỏ.[8][9] Cuối cùng chỉ mình Phạm Minh Thông bị tù, còn đối tượng nhận tiền và đòi hối lộ không được xác định.[10][11]

Tất cả các bị cáo đều kháng án lên tòa phúc thẩm trừ Đinh Công Sắt, người đã được thả trước phiên xử. Tại tòa, Dương Ngọc Tiến khẳng định hoàn toàn không quen biết các ông Trần Văn Thanh và Nguyễn Duy Phi Linh. Ông nói đã bị điều tra viên ép viết lời khai, và theo lời trung tá công an này thì "Điều tra viên bảo tôi anh viết một bài báo gây chấn động Đà Nẵng nên anh phải ngồi tù bảy năm".[12]

Bị cáo Trần Văn Thanh

Trước đó, Viện Thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng (Viện Phúc thẩm II) thuộc Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao đã kháng nghị Tòa phúc thẩm Đà Nẵng tuyên ông Trần Văn Thanh không phạm tội và đình chỉ vụ án với bị cáo này.[12][13] Như vậy, ngay cả cơ quan buộc tội (Viện Kiểm sát) cũng cho là bị cáo vô tội,[12] nhưng Chánh án Trần Mẫn vẫn tuyên án Thiếu tướng Trần Văn Thanh có tội,[1] dù không có bằng chứng nhưng vẫn nhất quyết cho rằng ông Trần Văn Thanh là "người cầm đầu, đã chủ động hướng dẫn các bị cáo".[12] Thay vì tuyên vô tội như kháng nghị của Viện Phúc thẩm II, tòa chỉ giảm án xuống 12 tháng tù treo vì bị cáo có nhân thân tốt.[14]

Bị cáo Dương Ngọc Tiến

Thượng tá Đặng Xuân Dũng, Tổng Biên tập Báo Công an Thành phố Hồ Chí Minh cũng đề nghị xem xét lại bản án đối với ông Dương Ngọc Tiến, cho rằng bản án sơ thẩm hình sự ghi: "bị cáo đã lợi dụng quyền tự do báo chí để viết bài không đúng sự thật về tình hình Đà Nẵng nhằm gây ảnh hưởng xấu đến uy tín của cán bộ lãnh đạo cũng như chính quyền Tp Đà Nẵng" là không đúng, bởi bài báo về Đà Nẵng tựa đề "Nguyên nhân nào một số công dân khiếu kiện gay gắt?" (đăng ngày 10-5-2007, nội dung phản ánh một số bức xúc của người dân Đà Nẵng trong đền bù, giải phóng mặt bằng) không hề bị một cơ quan hay cá nhân nào ở Tp Đà Nẵng khiếu nại về nội dung, các cơ quan chức năng nhà nước có liên quan cũng không hề có ý kiến với bài báo.[15] Tuy nhiên, tòa phúc thẩm vẫn giữ nguyên mức án đối với Trung tá Dương Ngọc Tiến.

Bị cáo Nguyễn Duy Phi Linh

Tương tự, bị cáo Nguyễn Duy Phi Linh cũng phủ nhận những lời khai tại cơ quan điều tra: "Khi lấy lời khai, điều tra viên bảo tôi nếu nhận tội sẽ được khoan hồng, chỉ xử lý hành chính thôi. Tôi nghĩ xử lý hành chính thì cũng được nên mới nhận". Khi bị chủ tọa Trần Mẫn vặn hỏi: "Thế bị cáo lừa dối điều tra viên à?" thì bị cáo Linh trả lời: "Tôi không lừa dối mà do điều tra viên buộc tôi phải lừa". Cuối cùng tòa cũng tuyên y án với ông Linh.[12]